În conformitate cu ultimile schimbări organizatorice, aprobate prin hotărârea Consiliului Suprem pentru Știință și Dezvoltare Tehnologic a Academiei de Științe a Moldovei, organigrama Agenției este compusă din:
- Conducere AITT (Director General și Director Adjunct);
- Secția Transfer Tehnologic;
- Secția Infrastructură de Dezvoltare;
- Secția Marketing și Promovare;
- Secția Logistică și Expoziții;
- Serviciul Financiar și Contabilitate.